MT4になってウィジェット機能がついたが、中身はタグのセットなので、テンプレートモジュールと何が違うのかよくわからない。というか違いがない。
違いといえば、ウィジェットはドラッグ&ドロップでセットを作り、そのセット単位でテンプレートに登録(Include)するという形になっているという部分。
このようにして登録したほうがいいのは、主に最近のエントリーとか、共通の広告を表示させるようなサイドバーの部分。
なので、グローバルナビゲーションのようなセットはテンプレートモジュールで作成し、サイドバーに表示させるコンテンツに関してはウィジェットを使うといいのかもしれない。