SetVarとSetVarBlockの違いはテンプレートタグが使えるかどうかの違い

条件分岐で行う効率的なテンプレート管理 - テンプレートの判別 | MovableType.jp

条件分岐にMTSetVarを使うとひとつのテンプレートモジュールでそれぞれのアーカイブテンプレートやインデックステンプレートに対応できるので、シンプルになる。
ただし、ほとんどの場合、条件分岐のキーとなる値はテンプレートに記述されているではなく、テンプレートタグで吐き出されることが多い。そういった場合、MTSetVarだと認識してくれないので、MTSetVarBlockタグを使う。